اسناد خزانه اسلامی، که دولت و وزارت اقتصاد از آن برای تسویه بدهی‌های معوق دولت به پیمانکاران استفاده کردند، 2 مزیت عمده برای اقتصاد ایران در پی داشت. مزیت اول به سررسید شدن 5 دور از این اسناد (تا دی ماه سال 1395) و پایبند بودن دولت به تعهدات خود در این زمینه باز می‌گردد. با چنین رویکردی دولت نکول نداشته و این اوراق به ابزاری بدون ریسک بدل شد که دارندگان نسبت به آن اطمینان دارند. این مسئله، اوراق را به ابزاری مطمئن برای کشف «نرخ بهره تعادلی کوتاه مدت» در اقتصاد تبدیل کرد.
تا پیش از انتشار این اسناد، ابزاری برای تعیین این نوع از نرخ بهره در ایران وجود نداشت و فعالان اقتصادی نمی‌توانستند برآوردی از این نرخ در اقتصاد ایران داشته باشند. این در حالی است که نرخ بهره متغیری بسیار با اهمیت در تصمیم‌گیری‌های اقتصادی به شمار می‌رود که می‌تواند به سرمایه‌گذاران برای تعیین جهت‌گیری‌های خود سیگنال‌های مهمی بدهد. دومین مزیت و ره‌آوردی که انتشار اسناد خزانه اسلامی توسط وزارت اقتصاد دولت یازدهم به همراه داشت، این بود که دولت بدهی‌های معوق خود به پیمانکاران را با این روش پرداخت کرد. در این حالت، برخی از پیمانکاران تصمیم به تنزیل اوراق پیش از موعد سررسید گرفته و نقدینگی دریافت کردند. این اتفاق موجب رونق فعالیتهای پیمانکاران شد که برای خروج از رکود وضعیت اقتصادی ایران بسیار با اهمیت بود.
مکانیزم انتشار این اسناد نیز در تثبیت وضعیت آن نقش داشت. دولت از زمان مسجل شدن بدهی به پیمانکاران تا زمان پرداخت اوراق، به ازای هر سال، درصدی مشخص را به عنوان «نرخ کاهش قدرت خرید» به پیمانکاران اختصاص داد. نرخی که برای مثال در سال 1394 معادل 15 درصد بود. به این ترتیب اگر پیمانکاری 100 واحد پولی از دولت طلبکار بود، به ازای هر سال 15 درصد نیز سود بابت کاهش قدرت خرید دریافت می‌کرد. این نرخ جبرانی هر چند به واسطه فاصله با نرخ تنزیل کشف شده اسناد خزانه اسلامی حتی در کمترین حالت آن، موجبات گلایه پیمانکاران را فراهم کرد اما در کلیت، تا حدودی زیان آن‌ها را پوشش داد.
اتفاق مثبتی که در اوائل سال 1395 در ارتباط با این اسناد رخ داد، کاهش نرخ تنزیل تا کمتر از 19 درصد بود که از کاهش نرخ بهره بین‌بانکی و اقتصاد ایران نشات می‌گرفت و توانست فاصله میان نرخ کاهش قدرت خرید با نرخ تنزیل را به کمترین حالت رسانده و زیان پیمانکاران را کاهش دهد.
در مورد انتقاداتی که برخی در زمینه تبدیل شدن اسناد خزانه اسلامی به رقیب بازار سرمایه طرح می‌کنند نیز باید گفت که بر پایه بسیاری از شواهد، این تحلیل غلط به حساب می‌آید. در تشریح دلیل ابطال این دیدگاه توجه به این نکته با اهمیت است که سرمایه‌گذارانی که خریدار این اوراق با درآمد ثابت و ریسک تقریبا صفر هستند، از لحاظ معیار «ریسک‌پذیری» با سرمایه‌گذارانی که وارد بازار سرمایه می‌شوند متفاوت هستند. اسناد خزانه اسلامی بدون ریسک و با بازدهی مشخص و تثبیت شده است اما در مقابل بازار سرمایه ریسک بالایی داشته که گسترده بازدهی را نیز نسبت به اسناد خزانه به شدت بیشتر می‌کند. عملا متقاضیان احتمالی اسناد خزانه اسلامی عمدتا «ریسک‌گریز» هستند در حالی که طیف فعالان بازار سرمایه «ریسک‌پذیر» به حساب می‌آیند. متقاضیان احتمالی اسناد خزانه اسلامی، در نبود این ابزار نیز با احتمال بالایی نه به طرف بازار سرمایه بلکه به طرف سپردن سرمایه خود به بانک‌ها می‌رفتند. در نتیجه نمی‌توان اسناد خزانه اسلامی را رقیب بازار سرمایه دانست.
